肠道数量巨大且种类繁多的有益微生物菌群是肠道正常消化代谢与维持肠道免疫的重要保障。酸制剂可以通过抑制或者杀灭肠道病原菌以及防止病原菌在肠道的定植与黏附而调节肠道微生态，从而起到维持菌群平衡的效果，发挥促进肠道健康的作用。
酸制剂能降低肠道pH，促进肠道喜酸有益菌（乳酸杆菌、双歧杆菌等）生长繁殖，抑制肠道病原菌（大肠杆菌、沙门氏菌等）滋生。未解离的有机酸制剂具有亲脂性，与革兰氏阴性细菌细胞膜融合后，进入细胞质解离成COO-和H+。
H+由于不能自由透过细胞膜，在细胞内大量聚集，使细菌细胞内pH急剧降低，细胞内本身是中性偏碱性的环境，于是为了维持细胞内碱性环境，保证营养物质运输和糖酵解信号转导等反应相关酶的正常活性，细胞不惜消耗自身能量，通过主动运输的方式（H+-ATP泵）将H+运出细胞，由此导致用于细胞自身生长代谢所需的能量大量被消耗，产生能量竞争，使细菌逐渐失活。
有机酸解离释放的H+，通过膜转运蛋白泵交换阳离子（K+和Na+）进入细菌细胞内，进一步增加了细胞内部的渗透压。
高浓度的K+，不仅对细胞内的酶有一定抑制作用，而且还会动用细胞内一定量的氨基酸（主要是谷氨酸）来中和其电荷，这导致细胞所需的前体物质耗尽而影响细菌正常生长。有机酸能破坏细菌细胞外膜达到抑菌效果。