在电磁波作用下，水中的成垢物质可以加速成核，但成垢颗粒的继续长大会受到抑制。当水溶液受磁场作用时，水溶液中的带电离子（如Ca2+和CO32-）被约束在磁力线周围，使得这两种离子相互撞击的几率增大并加速了CaCO3的成核过程，而在这种快速成核情况下生成的碳酸钙晶体是不稳定的，多呈现文石或球霰石结构。
同时电磁波的作用使水分子的偶极矩和极性增大，限制了极性水分子的运动，将快速生成的CaCO3微小晶粒束缚在溶液中，从而抑制了CaCO3晶粒的继续长大，导致水中微小的CaCO3晶粒增多，但稳定性减弱，使其不易附着于管壁而达到阻垢的目的。
2、氢键断裂机理
在自然条件下，水分子通过分子间的氢键缔合为分子团簇。在电磁波作用下，这些水分子团和水中的成垢颗粒发生持续性的振动。当水分子的振动频率等于或正比于电磁波的振动频率时，便产生了共振，使得水分子氢键发生扭曲和弯曲，甚至断裂。从而改变水的物理化学性质，降低水的表面张力，增大成垢物质在水中的溶解度，达到溶垢除垢目的。
3、晶体转换机理
碳酸钙晶体主要有三种晶型：方解石、文石和霰石。方解石型碳酸钙具有菱形的立方体晶体结构；文石型碳酸钙具有长度和直径相对较大的斜方体晶体结构，通常呈针状或柱状；而霰石碳酸钙大多具有六方体结构，通常呈球形。方解石型碳酸钙在换热面沉积通常会形成致密的硬垢，不易去除；而文石和球霰石通常形成易清除软垢，危害性较小。
低频电磁波的存在改变了水中碳酸钙分子的Zeta电位，增加碳酸钙分子碰撞机率，使其提前碰撞形成大分子沉降，以文石和霰石的形式存在，即电磁处理通过改变碳酸钙的晶型来达到阻垢的目的。
4、防腐机理
对铁磁性金属，电磁波作用下会产生磁场梯度力，该力作用在顺磁性金属上可使顺磁性的腐蚀产物更好地吸附在金属表面，形成一层较为致密的保护膜，有效抑制金属腐蚀。对于已经发生腐蚀的金属，在磁场作用下，点蚀坑内会形成磁场梯度力，而磁通密度位于点蚀坑的边缘。该磁场梯度力作用于顺磁性材料，可吸引具有顺磁性的侵蚀性离子转移到点蚀坑的外部，以减缓点蚀的发生。
5、杀菌灭藻机理
水藻、细菌等均须依附在某一物体上才能开始捕食、繁殖。低频电磁波装置能够避免换热器管壁形成水垢等生物附着区，使水藻、细菌分散在循环冷却水中，从而不能形成大量的生物膜，促使生物膜逐渐消亡。同时电磁波的作用下，会使菌藻等微生物DNA断裂，新陈代谢受到抑制，从而起到杀菌灭藻的作用。